Historie Ufa sahá do pátého století. V té době se na území moderní Ufy pravděpodobně nacházelo středověké osídlení. Mezi největší města Zlaté hordy patří vynikající arabský autor čtrnáctého století, Ibn Khaldun, nazývaný městem Bashkort (Bashgird). Historici nyní při srovnávací analýze starověkých map a označení dospěli k závěru, že právě na místě zmíněného starého města stojí stánky Ufy.
Oficiální status města
V šestnáctém století se na území dnešní Ufy nacházelo zimní sídlo guvernéra Nogai Hordy Tura Khan. Poté, co část Baškortostanu vstoupila do říše Muscovy (1557), se místní obyvatelé obrátili na Ivana IV s návrhem postavit město na svých pozemcích.
V šestnáctém století (1574) byla poblíž řeky Sutoloka postavena pevnost, tedy pevnost, a místu se začalo říkat čtvrť Ufa a Ufa se stala jejím centrem. Věznice Ufa byla postavena pod vedením Ivana Nagye. Později vyslán z hlavního města byl Michail Nagoy prvním vojvodou okresu, vedl úřednickou chatu Ufa (pod jeho velením měl dvě stě lučištníků).
Po stavbě městských hradeb se pevnost stala známou jako Kreml. Jako dodatečnou ochranu byl kolem něj postaven plot z pevných klád těsně tažených vedle sebe a na dvou protilehlých stranách stavby, v severní a jižní části, byla postavena dubová věž.
V osmnáctém století bylo město postiženo rolnickou válkou, povstání bylo potlačeno. Poté se Ufa spojila s provincií Kazaň, o něco později - s provincií Orenburg. Na počátku 19. století se místní úřady zabývaly urbanismem. Architekt V. Geste nakreslil plán rozšířených ulic města. Ulice Bolshaya Kazanskaya byla přenesena na budoucí náměstí Gostiny Dvor a Verkhne-Torgovaya.
Dvacáté století
V červenci 1922 byla rozhodnutím Všeruského ústředního výkonného výboru provincie Ufa zrušena. Ve 20. až 30. letech minulého století se město začalo rychle rozvíjet. Hrubá průmyslová produkce vzrostla 16krát. Během Velké vlastenecké války bylo do Ufy evakuováno několik desítek průmyslových podniků. Bylo zde také evakuováno několik výzkumných ústavů.
V souvislosti s nárůstem těžby ropy po válce byly v Ufě stavěny velké ropné rafinerie, aktivně se rozvíjelo strojírenství a chemický průmysl.
