Poprvé byl Novgorod uveden v kronice v roce 859 - toto datum je považováno za výchozí bod pro věk města. V roce 862 v „Příběhu minulých let“existuje příběh o povolání Varangiánů do Ruska. V Novgorodu začal vládnout nejstarší z Varangiánů, který přišel, Rurik.
Na počátku 11. století se Novgorod svou strukturou nelišil od ostatních měst Kyjevské Rusi. V roce 1014 však kníže Jaroslav Moudrý odmítl vzdát Kyjevu hold a ve skutečnosti se Novgorod osamostatnil. V Novgorodu začíná stavba kamenných zdí města a kamenné katedrály Sophia.
Ve druhé polovině 12. století získali Novgorodiáni právo na veche - začali volit biskupa - nejvyšší církevní autoritu. Do konce 12. století dostali Novgorodiáni právo pozvat knížata z jakéhokoli města, aby vládli a uzavřeli s nimi dohodu. V roce 1226 nastoupil na novgorodský trůn Alexander Yaroslavovich, který se později jmenoval Nevsky.
V XIV století bylo město nazýváno Novgorodskou republikou a bylo jedním z největších a nejbohatších regionů v Evropě. Republika zahrnovala území současného Novgorodu, Pskova, Leningradu, Archangelské oblasti a autonomních republik Komi a Karélie. Do této doby patří také většina objevených písmen březové kůry. Ale na konci 15. století Novgorodiáni přísahají věrnost moskevskému princi Ivanu III.
V roce 1570 přijíždí do Novgorodu Ivan Hrozný, aby uklidnil obyvatele města, obviněn z falešného odsouzení touhy přejít do Litvy. Strážci několik týdnů rozbíjeli a okrádali Novgorod a několik tisíc obyvatel bylo zabito.
Na počátku 17. století, v době nesnází v Rusku, byl Novgorod obsazen Švédy, počet obyvatel byl snížen na 800 lidí. Ve druhé polovině 17. století osídlili Novgorod osadníci z Valdaie, Tichvin a dalších okolních měst. V 18. století, se začátkem stavby Petrohradu, Novgorod konečně ztrácí svůj obchodní a ekonomický význam. Na konci 18. století se Novgorod začal přestavovat podle obecného plánu. V roce 1862 byl ve městě otevřen památník tisíciletí Ruska.
Během Velké vlastenecké války byl Novgorod v srpnu 1941 okupován nacisty. 20. ledna 1944 byl osvobozen sovětskými vojsky.
V roce 1959 oslavil Novgorod 1100. výročí.
