Řeky Tádžikistánu jsou protékající a hlavně patří do povodí Aralského jezera. A jen málo jich teče do vod jezera Karakul nebo řeky Tarima.
Řeka Amudarja
Kanál Amudarji prochází územím čtyř zemí najednou - Afghánistánu, Tádžikistánu, Uzbekistánu a Turkmenistánu. Celková délka kanálu je 2 400 kilometrů. Z nich prochází zemí 1415 kilometrů. Zdroj Amudarji je tvořen soutokem dvou řek - Vakhsh a Pyanj. Ústí řeky jsou vody Aralského moře (na soutoku tvoří velkou deltu).
V blízkosti řeky je několik přítoků. Amudarja v průměru přijímá vody Kafirniganu, Surkhandaryi a Šerebadu a také jeden levý přítok - řeku Kundúz. A dále až k místu soutoku již nejsou žádné přítoky. Vody řeky jsou aktivně využívány, a proto Amudarja nedosahuje Aralského moře. Právě to se stalo jedním z důvodů jeho vysychání.
Ve vodách Amudarji existuje několik různých druhů ryb: asp; holohlavý muž; sumec aral; cejn; sabrefish; stříbrný kapr; Bílý amur; nenávist.
Řeka Vanj
Jedna z řek, jejíž kanál se nachází výhradně na území Tádžikistánu. Je to pravý přítok řeky Pyanj. Celková délka řeky je 103 kilometrů. Zdroj je tvořen soutokem dvou řek - jedna sestupuje z ledovců Vanchova hřbetu, druhá z hřebene Akademie věd (západní svah). Kanál vede mezi hřebeny Vanch a Darvaz.
Řeka Kashkadarya
Územím koryto řeky prochází zeměmi Tádžikistán (oblast Sughd) a Uzbekistán (oblast Kashkadarya). Řeka má obvykle tři jména: v horním toku - Obikhunda; střední kurz - Shinachasai; nižší - Maimanakadarya.
Celková délka kanálu je 378 kilometrů. Pramen řeky je ve výšce 2960 metrů nad mořem a tvoří ho dvě nejmenované řeky. Hlavní přítoky: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Řeka Muksu
Celková délka kanálu je 88 kilometrů. Muksu se nachází v džirgátské oblasti Tádžikistánu. Zdrojem je soutok dvou řek: Seldara a Sauksoy (ledovce Fedchenko a Bolshoi Saukdar).
Řeka Kuzylsu
Kyzylsu, což znamená „červená řeka“, protéká územím Kyrgyzstánu a Tádžikistánu. Zdrojem jsou svahy Trans-Alai Range. Celková délka kanálu je 235 kilometrů. Na soutoku s řekou Muksu vzniká řeka Vakhsh.
Řeka Vakhsh
Celková délka říčního kanálu je 786 kilometrů a všechny procházejí územím Tádžikistánu. Pramen řeky je na svazích Pamíru, ale místo jejího soutoku s vodami řeky Pyanj dává vzniknout velké Amudarji. Řeka je hlavním zdrojem zavlažování i výroby energie.
