Vologda se nachází na pravém břehu stejnojmenné řeky, což je starobylá vodní cesta, která toto město spojovala povodím řek Sukhona a Sheksna s Archangelskem.
Poprvé v historických pramenech bylo město zmíněno ve století XII. V 15. století vládl Vologdě Veliky Novgorod. Od roku 1462 byla dvacet let Vologda centrem appanage knížectví, ale od roku 1481 spadala pod vládu Moskevského knížectví, jehož vládcem byl tehdy Ivan III.
V roce 1565 se Ivan Hrozný rozhodl zřídit ve Vologdě své druhé sídlo oprichniny. Chtěl zde postavit kamenný Kreml a pevnost. Do Vologdy byly nahnány tisíce řemeslníků a rolníků a stavbu vedl anglický inženýr H. Locke. V plánu byl Kreml obdélník. Na severní straně byla chráněna řekou Vologda a na obou stranách byl vykopán vodní příkop. Ale nájezd krymského Chána v roce 1571 a mor, který začal ve Vologdě, přinutil Ivana IV. Vrátit se do Moskvy. Odchodem krále stavba přestala.
Vzhledem k absenci vážných opevnění Vologda velmi utrpěl invazí polsko-litevské armády v roce 1612. Ale město bylo rychle přestavěno a dokonce překročilo svou dřívější velikost. Do konce 17. století se historické centrum Vologdy skládalo ze čtyř částí: City, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad a Zarechye. Počátkem 18. století však ekonomické postavení Vologdy poněkud oslabilo v důsledku založení Petrohradu a rozvoje obchodu v Baltském moři.
V roce 1708 byla Vologda začleněna do archangelské oblasti. Ale již v roce 1719 se město stalo centrem provincie Vologda a v roce 1796 - centrem provincie Vologda, která existovala až do roku 1929.
V 19. století se město stalo místem politického exilu pro mnoho příslušníků inteligence. V roce 1918 hrál Vologda po dobu 5 měsíců roli „diplomatického hlavního města“Ruska. Po uzavření Brestské mírové smlouvy se sem dočasně přesunuly velvyslanectví a mise 11 hlavních států, zejména: USA, Velké Británie, Francie, Japonska, Číny, Brazílie atd.
Nyní je Vologda oblíbeným turistickým centrem, které navštěvují jak Rusové, tak zahraniční turisté.
